方法論自然主義主張，在科學解釋中優先或只採用自然原因、可檢驗機制與公共證據。它首先是一種研究規則，而不是必須先接受的完整形上學信仰。宗教信徒、不可知論者與無神論者都可以在相同的科學規範下工作。
這項區分並不意味著方法規則毫無哲學前提。科學為何排除某類解釋、排除到什麼程度、什麼證據足以修訂規則，都需要清楚論證。方法論自然主義的正當性取決於科學解釋的工作範圍 正是在處理這些問題。
思與行
- 評估研究時，檢查因果機制、可反駁性、重複性與競爭假說，而不是推測研究者的宗教身份。
- 區分「目前研究方法不能處理」與「現象不存在」，保持方法論謙遜。