自然主義的第一個任務是拆分主張層次。形上學自然主義回答什麼存在，方法論自然主義回答科學如何解釋，認識論自然主義回答知識如何形成，而道德自然主義處理道德事實與自然世界的關係。科學自然主義、自由自然主義與宗教自然主義則呈現不同的研究與生活取向。
核心爭論包括：自然與超自然如何界定？科學方法的範圍在哪裡？心智、價值與規範能否在自然世界中安置？還原論與湧現如何分工？何時對科學的尊重會變成科學主義？
建議由 自然主義是一組家族相似的立場而不是單一定義 起步，接著閱讀 方法論自然主義的正當性取決於科學解釋的工作範圍、自由自然主義試圖安置價值意識與日常經驗 與 道德自然主義主張道德事實可能就是自然事實。