內部與外部不是脫離研究問題就能自動辨認的兩種東西，而是研究者依照系統邊界與解釋目標對狀態所做的分類。以細胞為例，細胞內分子狀態可被建模為內部，周遭介質為外部，受體與膜相關過程則可能被放入毯狀狀態；若研究對象改成器官或整個生物，分組也會跟著改變。
因此，馬可夫毯分析的第一步不是找一條看起來像邊界的線，而是說清楚研究系統、變項、尺度與可檢驗的依賴關係。
思與行
- 為每個模型建立「系統定義表」：目標、尺度、內部狀態、毯狀狀態、外部狀態、觀測方式。
- 當尺度從細胞切換到個體或群體時，重新檢查條件獨立假設，不要沿用舊分組。