系統不是等待研究者發現的天然盒子；研究者選擇哪些元素、時間尺度、空間尺度與關係納入分析，就已經設定了系統邊界。只看醫院內部流程，可能忽略病人的交通、照顧者的時間與家庭支出；只研究森林生態，可能忽略土地權、資源使用規則與地方知識。邊界決定哪些原因可見、哪些人被視為相關者，以及哪些成本被排除。因而系統分析的第一步不是急著畫箭頭，而是說明「誰的問題、從哪裡看、到哪裡為止」。
思與行
- 對每個系統圖標示空間、時間與制度邊界，另列出被排除的角色與變項。
- 將邊界視為可修訂假設；在聽取不同利害關係人後重新繪圖。