形上學自然主義（metaphysical／ontological naturalism）主張實在由自然世界構成，通常不承認獨立於自然秩序的超自然實體。這是關於「什麼存在」的主張，不能直接推出「所有知識都必須由實驗科學取得」，也不能單憑它確定心理、社會或價值現象應如何解釋。
把存在論和方法論拆開後，便能理解有人接受自然世界是唯一實在，卻仍主張哲學、歷史、詮釋或第一人稱經驗具有不可取代的研究功能。方法論自然主義是研究規則而不是完整世界觀 與它相關，但兩者不是同一命題。
思與行
- 當遇到「自然主義等於唯物論／科學主義」的說法，先檢查是否把本體論推成方法論或價值論。
- 為每個形上學主張補上證據條件與可能反例，避免把「目前無需假設超自然」誇大成「已證明任何超自然主張不可能」。