身體完整性關注身體與心理不被未經同意地侵入、傷害或改變；身體自主關注一個人能否對身體與生活作出選擇。兩者高度重疊，卻不是同義詞。未經同意的抽血可能同時侵入身體並剝奪決策權；一項自主選擇的醫療改變則未必是完整性侵害。反過來說，某些侵入即使沒有明顯剝奪當事人作決定的能力，也可能因其直接改變身體而構成獨立傷害。
這個區分能避免兩種簡化：一是把所有問題都化約成「只要同意就可以」；二是把任何身體變動都視為不正當。更完整的判斷需要同時考慮選擇是否自由、身體是否遭受侵入、介入是否必要、是否有替代方式，以及誰承擔風險。